辽东存在三大家将集团：以李成梁为核心的李家将、以毛文龙为核心的毛家将和以祖大寿为核心的祖家将，这些世代为将的势族集团地位十分重要。“祖家将”是以祖大寿为最高指挥官的一个将领集团，姻亲关系、义父子关系和家主与家丁的关系是“祖家将”得以形成的因素，明代“九边”中高级将领多出自将门，拥家丁为私兵，侵膏腴为己业，导致明廷对武将的控驭力渐被削弱，形成了武将骄横跋扈、尾大不掉之势。

“家丁”私兵论。明代后期在军队中普遍存在的将领畜养家丁的现象，是“将门”、“势族”长期把持明军高级职位的基础，如赵中男认为，家丁同其主帅之间，形成了亲密的隶属关系，在战场上共进退。到了明末，“许多将领的部队基本上是具有私属性和独立性的家丁部队了”。关宁军中的确存在将领蓄养家丁的现象，因此也应属于此种性质的部队。

“家军、将门”的研究方式，虽然在一定程度上可揭示明末军队具有一定的独立性，但同时存在一定深入探究的空间。“将门”是否垄断了关宁军的高级职位，其地位是否皆为父祖恩荫所至，关宁军的根本性质究竟应界定为军阀武装，还是明朝政府控制下的政府军？厘清这些问题不仅事关关宁军的性质的界定，也对深入开展对明末抗清战争史的研究有着重要意义。晚明时期的明军中的确存在“将门”领军的现象，但抗清战争爆发后，辽东前线明军历经重组，兵将结构出现了很大变化，辽籍武将在军中并不占据人数优势，因此此时的关宁军的“家军”色彩并不浓厚。伴随着抗清形势的演进，以祖大寿为代表的“祖家将”由于军功和督师文臣的赏识而逐渐崛起，但直到明朝灭亡之时，“祖家将”在关宁军中并未占据绝对优势地位，也不具备同明廷分庭抗礼的实力。此，对关宁军性质的界定应进一步探讨，现有的“家军”、“将门”的方式存在一定的模糊性，对判断关宁军的性质帮助不大。

按照《辞海》的定义，军阀是指拥兵自重割据一方，自成派系的军人和军人集团。然而，关宁军处在明廷的控制之下。这主要体现在以下两个方面：明廷通过各种制度将边军的粮饷供应、人事任免和指挥权掌握在中央政府手中，关宁军不具备很强的独立性；辽人长期不受督师文官的重视，以“祖家将”的祖大寿为例，他在孙承宗督师期间地位不高，袁崇焕掌权后因战功而升任总兵，但直到大凌河之战后，以祖大寿为首的“祖家将”在关宁军中的地位才有了显著跃升，但地位仍不足以垄断关宁军的军权。据此可推定，关宁军不能视为一支军阀性质的武装。

明代的辽军“是以辽东边军为主体，以辽东籍官兵为大多数组成的边防军”，但是，在天启初年关宁军草创的阶段，辽人未占据优势，以祖大寿为首的“祖家将”，在天启年间也未曾在关宁军中占据垄断性地位，且祖氏家族成员中并未出现一位总兵，此时的关宁军不能界定为“将门”控制下的“家军”。

天启初年，辽东沦陷于后金之手，大量辽人涌入关内逃避战乱。起初，明朝大臣对辽人评价甚低。如熊廷弼认为：“辽中精锐尽皆一战。虽有存者，皆老弱、焦烂、乌合、溃散之余，一无足恃。”他反对招募辽人为兵，认为其中“甚有奴酋奸细亦充募数”。又如王在晋也认为：“臣立法不用辽人。辽人无食，苟得籍民为兵，何暇计月粮多寡，将官利于侵扣，流民乐于藏身，妻室相依，勾奸起竞，纷纷攘攘，衅孽潜滋。”在此背景下，辽人并未大量从军。

辽人的地位在孙承宗担任督师后才逐渐提升。孙承宗提出“以辽人守辽土、以辽土养辽人”的主张，开始招募辽人、任用辽将。从《督师纪略》的记载可见，孙承宗曾派抚夷将朱梅、参将杨应乾等人招募辽兵，其募得之数千人转让鲁之甲带领守中后所，可知募辽兵者同领辽兵者相分离，此时的辽军没有自己的独立编制，更谈不上形成“家军”与“将门”。经过一番招募，辽东籍兵将在关宁军中的比例开始上升。

然而，孙承宗在践行“以辽人守辽土”的同时，并不排斥调发客军参与援辽，相反，孙承宗对客军的重视程度也很高。尤其是在使用火器方面，孙承宗认为：

独是关门之兵，辽人好浪战，不习用炮车，浙兵习枪铳，不甚习大炮。川、湖兵即枪铳亦少，不甚习大炮。川、湖兵即枪铳亦少，而车炮之用，唯西北兵为惯熟。

由此可见，孙承宗虽主张用辽人，但并未对其战斗力做出较高评价，例如在火器使用方面，他认为“辽东向习弓矢，放置火器于不讲”，不足以练车营，而善于操练车炮之九边客军则可以满足他创建车营的需求。相比之下，孙承宗曾说：“顷阅射襄武营，皆西北兵，其将甚有纪律，终事无敢哗者”，对西北兵的印象很好。可见，孙承宗虽然主张“以辽人守辽土”，却并未放弃调用西兵。他曾向明廷要求调发宣府、大同、山西、延绥、宁夏、固原等镇精锐军士援辽。与此相反的是，这一时期招募辽人辽将的数量有限。根据孙承宗的报告，他在关门三年左右时间共招募辽兵二万五千五百零九员名，相比数量已经十几万人的关宁军而言，如此规模不足以形成的强大势力。